Оракул курит сигареты «Double Destiny».
Когда Тринити преследует Проводника, то можно заметить рекламу «Powerade». Когда «Матрица: Перезагрузка» появилась на экранах, в США вышли рекламные ролики «Powerade» в стиле «Матрицы».
Черный кот в концовке фильма — это тот же самый кот в дежа-вю сцене в «Матрице» (1999).
Йен Блисс получил роль в фильме частично из-за своего внешнего сходства с Хьюго Уивингом.
Название станции между Миром машин и Матрицей — Mobil Ave. Mobil — анаграмма от Limbo, что в переводе означает чистилище, место между раем и адом.
В финальной сцене фильма зритель впервые за всю трилогию видит зеленые цвета и голубое небо внутри Матрицы.
Название музыкальной темы финального боя между Нео и Смитом — «Neod?mmerung» — происходит из немецкого слова «Gotterd?mmerung» (дословно «сумерки богов»). Это также название части оперы Вагнера «Кольцо Нибелунгов». В «Gotterd?mmerung» речь шла о финальной битве между богами, которая привела к их уничтожению. Зная, что произойдет, боги сражались за выживание человечества. Название музтемы не только подходит под сюжетную составляющую сцены, но и также подчеркивает влияние музыки Вагнера на запись саундтрека фильма.
Съемки фильмов «Матрица: Перезагрузка» (2003) и «Матрица: Революция» (2003) начались одновременно в Окленде и Сан-Франциско в конце марта 2001 года. Фактический график съемок составил 250 дней.
Актриса Глория Фостер, игравшая роль Пифии в первых двух частях, умерла до того, как успела сыграть свою роль в третьем фильме, и её заменила актриса Мэри Элис. Режиссёры добавили в сюжет оговорку по этому поводу, чтобы оправдать смену внешнего облика героини, также они признались, что по стечению обстоятельств в одном из вариантов сценария Пифия действительно должна была сменить облик.
Улица, на которой Нео и Смит дерутся в концовке фильма, — это та же самая улица, с которой Нео звонил в концовке «Матрицы» (1999).
Во время финальной схватки между Нео и Смитом и во время финальных титров, повторяется санскритская слока в европейском стиле: «Asatoma Sat Gamaya, Tamasoma Jyotir Gamaya, Mrityorma Anritam Gamaya», — что при дословном переводе означает: «Веди меня из нереальности в реальность, веди меня из тьмы в свет, веди меня из временного в вечность».
Многие «дождевые капли» в финальном бое между Нео и Смитом — это на самом деле однолинейный матричный код, схожий с тем, что видят герои на экранах компьютеров, когда наблюдают за Матрицей. Данный эффект был специально добавлен, чтобы показать, что Матрица начала дестабилизироваться. Эффект очень хорошо заметен на крупных экранах кинотеатров, но его также можно увидеть и на экранах домашних телевизоров: во время крупных планов обратите внимание на капли, «прыгающие» словно элетростатистические помехи.